Nguyên người con trưởng của Lê Đại Hành là Lê Long Thâu. Lê Long Thâu mất sớm, ông là con thứ hai đáng lý được lập làm Thái tử. Theo Đại Việt sử ký toàn thư, bấy giờ người con thứ năm của Lê Hoàn là Lê Long Đĩnh có tham vọng muốn tranh địa vị ấy. Vua Lê Đại Hành cũng muốn cho Lê Long Đĩnh làm thái tử song triều thần cũng khuyên vua Lê không nên bỏ trưởng lập thứ. Vua Lê Đại Hành tuy nghe theo không lập Lê Long Đĩnh, nhưng cũng không nghĩ gì tới ông, mà lại lập người em thứ ba của ông là Lê Long Việt làm thái tử vào tháng 1 năm Giáp Thìn 1004, đồng thời gia phong ông làm Đông Thành Đại vương.

Đến tháng 3 Ất Tỵ 1005, vua Lê Đại Hành mất. Ông cùng với Lê Long Đĩnh và người em thứ chín là Trung Quốc vương Long Kính nổi loạn, đánh nhau suốt tám tháng để tranh ngôi. Tháng 10 năm ấy Lê Ngân Tích bại trận bỏ chạy vào đất Cử Long (Thanh Hóa). Lê Long Việt đuổi bắt, ông lại chạy sang Chiêm Thành, nhưng chưa đến nơi thì bị người châu Thạch Hà giết ở cửa biển Cơ La (nay là Kỳ La).[1] Thái tử Lê Long Việt lên ngôi, tức là Lê Trung Tông.